Địa bàn xã Lũng Nặm hiện nay trước đây vốn là ba xã Lũng Nặm, Kéo Yên và Yên Lũng thuộc huyện Hà Quảng.

Ngày 10 tháng 6 năm 1981, sáp nhập xã Yên Lũng vào xã Kéo Yên.[3]

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập một số xóm thuộc hai xã Lũng Nặm và Kéo Yên.[4]

Trước khi sáp nhập, xã Lũng Nặm có diện tích 26,97 km², dân số là 1.421 người, mật độ dân số đạt 53 người/km², có 10 xóm: Kéo Quyẻn, Cả Diểng, Cả Gioỏng - Bò Thon, Lũng In, Nặm Nhũng, Tỏng Bỏ, Thiêng Đoài, Nặm Sấn, Lũng Cọ, Thin Tẳng. Xã Kéo Yên có diện tích 20,46 km², dân số là 1.292 người, mật độ dân số đạt 63 người/km², có 8 xóm: Bó Sóp, Cáy Tắc, Cò Lỳ, Lũng Hoài, Lũng Luông, Lũng Tú, Lũng Vài, Rằng Rụng.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 864/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Cao Bằng (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[2]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Kéo Yên vào xã Lũng Nặm.